Nace el 18 de agosto de 1952, con la 'Declaración sobre Zona Marítima', suscrita en Santiago por los Gobiernos de Chile, Ecuador y Perú. Colombia se adhiere al Sistema el 9 de agosto de 1979.

Es un Organismo Regional Marítimo, una alianza y opción estratégica, política y operativa en el pacífico sudeste para consolidar la presencia de los países ribereños en esta importante zona geográfica, así como su proyección efectiva y coordinada, tanto hacia las zonas aledañas, como a la vinculación con la Cuenca del Pacífico.

La Cancillería, a través de la Dirección de Asuntos Económicos, Sociales y Ambientales, ejerce la Presidencia de la Sección Nacional ante la CPPS. De esta forma, hace las veces de coordinador entre la Secretaría General y las entidades con competencia en los temas abordados por el Organismo.

Se resalta dentro de las labores de la Cancillería, la propuesta y puesta en marcha del Plan de Fortalecimiento de la CPPS, el cual busca dar un reposicionamiento al Organismo de tal manera que éste pueda dar respuesta a las nuevas exigencias internacionales. Este proceso pudo ser concretado en el 2010 durante la IX Asamblea Ordinaria. Gracias a esto, la CPPS cuenta ahora con un Plan de Acción Estratégico (PAE) pensado para 4 años, y un Plan Operativo Bienal, formulado con base en dicho PAE.

Actualmente se adelanta un proceso de adecuación orgánica que incluye la revisión de los Estatutos y reglamentos internos del Organismo.